No se sabe con fecha exacta la fundación del pueblo de Tulum, sin embargo, a mediados del siglo XIX ya se tenía conocimiento acerca de este asentamiento. Sus orígenes se remontan contemporánea a la fundación de Noj Kaaj Santa Cruz Xbalam Naj (Chan Santa Cruz, hoy la ciudad de Felipe Carrillo Puerto), y el culto a la cruz parlante. Dicha fe se fue extendiendo y fortaleciendo en la región, surgiendo así nuevos pueblos en la espesura de la selva, donde a semejanza de sus casas, también construyeron sus iglesias para adorar a la cruz maya. Uno de los asentamientos fue el mencionado Tulum, a corta distancia del centro ceremonial en donde sus ancestros habían adorado al dios descendiente (la zona arqueológica de Tulum); otras pequeñas congregaciones surgieron: Muyil (cercana al centro prehispánico de Chunyaxche), Xpalma, Chumpón y San Antonio Muyil (cercano a la caleta de Chacalal).

Entre los fundadores de Tulum se hallaba María Uicab, quien en pocos años se convirtió en la sacerdotisa de la Cruz Parlante a la que los habitantes de la región denominaban La Santa Patrona.

El pequeño pueblo permaneció mucho tiempo como un lugar de paso hacia el norte de la entidad. A medida que el turismo en el estado de Quintana Roo avanzó, Tulum Pueblo ha ido desarrollándose como un destino turístico muy solicitado. Su importancia hotelera, aunque desde muchos años antes, comenzó en el 2015 cuando fue nombrado pueblo mágico;11​ a partir del nombramiento recibió un crecimiento poblacional inminente además de sus atractivos naturales y vestigios prehispánicos. En el 2020, Tulum recibió el impacto del Huracán Gamma,12​ que inició su recorrido por el país como tormenta tropical. Posteriormente en 2021 recibiría otro impacto, esta vez del huracán categoría 1 Grace. Actualmente, se tiene contemplado la construcción de un aeropuerto además de ser próximamente sede de una de las subestaciones del tren maya.